Страстная глубина переживаний накладывала на произведения Сандро Боттичелли свою печать. Живопись Боттичелли конца 1480-х годов, когда в городе нагнетается атмосфера религиозных брожений, свидетельствует о том, что художника переполняет волнение, он испытывает потрясение, которое позднее приведет к разладу в его душе. В этот период Боттичелли выполнил алтарь для флорентийской церкви Сан-Барнаба, т.н. «Алтарь Св. Варнавы» (галерея Уффици, Флоренция) - одно из своих больших религиозных произведений, ставшего несомненным шедевром. Заказ поступил от влиятельной флорентийской Гильдии лекарей и аптекарей, на попечении которой находилась церковь Сан-Барнаба.
На центральной части алтарного образа изображена Мадонна с Младенцем, сидящая на троне, ее окружают Святые: Екатерина Александрийская, Августин, Варнава, Иоанн Креститель, Игнатий и Архангел Михаил. Благодаря силе исполнения некоторые образы этой композиции выглядят поистине великолепными. Такова Св. Екатерина - образ, полный затаенной страсти и потому гораздо более живой, чем образ Венеры; Св. Варнава - ангел с лицом мученика. Иоанн Креститель в алтарном образе Св. Варнавы - одно из наиболее глубоких и наиболее человечных изображений в искусстве всех времен. Рядом с ним расположен еще один, созданный мастером, прекраснейший образ молодого воина в броне – Архангела Михаила.
Величественный интерьер, написанный Боттичелли в этом произведении демонстрирует непревзойденное мастерство художника. В верхней части, над откинутыми полотнищами полога помещены два тондо, образующих ансамбль Благовещения, на одном написана фигура Ангела, на другом – Девы Марии.
Алтарь Св. Варнавы сильно пострадал от времени, особенно много урона нанесли попытки реставрации и дописывания в начале XVIII века, позже они повторялись, лишь в 1930-х годах картина подверглась тщательной реставрации, благодаря которой приобрела вид, наиболее близкий к первоначальному.
Из семи небольших пределл алтаря до наших дней сохранились лишь четыре, на них запечатлены сцены из жизни святых, изображенных на центральной части алтаря. Вероятно, в центре располагалась сцена Страстей Христовых.
Это вторая пределла Алтаря Св. Варнавы. Согласно легенде, однажды, прогуливаясь на берегу океана и размышляя о природе Святой Троицы, Августин встретил мальчика за странным занятием: он пытался ложкой вычерпать всю воду океана в небольшую ямку. Когда же Святой попытался вразумить ребенка, тот ответил что его занятие не глупее, чем попытка объяснить таинство Троицы.
Это вторая, центральная панель Алтаря Св. Варнавы. На ней изображен Страдающий Христос, с ним вместе скорбят фигуры центральной части алтарного образа. Иисус сидит, как на троне, на краю каменного саркофага. Он развел руки в стороны, словно демонстрируя раны, оставшиеся от гвоздей, которыми Он был прибит ко кресту. Склонив голову, Он взирает на гвозди - орудия казни, лежащие на противоположном бортике саркофага. На заднем плане справа можно разобрать миниатюрную сценку Несения креста.
Это шестая пределла алтарного образа. Библия повествует историю о том, что Саломея танцевала на пиру Ирода, и получила от него обещание выполнить любую ее просьбу. Подстрекаемая матерью, она пожелала голову Иоанна Крестителя, заключенного в темнице Ирода. Сцена пределы изображает Саломею, которая на вытянутых руках несет блюдо с головой казненного праведника. За спиной ее вход в темницу с толстой решеткой
.Согласно легенде, свидетельствуя о своей вере перед римским императором Траяном, Святой Игнатий провозгласил, что имя Иисуса Христа написано на его сердце. Он был осужден на смерть от зубов и когтей диких зверей на арене амфитеатра. Существует легенда, согласно которой, уже после смерти Св. Игнатия, два христианина предприняли попытку выяснить истину, когда они разрезали грудь Святого, на сердце действительно обнаружили золотые письмена.