Человеческая подлость повернула к монаху гордую душу своенравного живописца. 23 мая 1498 года Флоренция сожгла оклеветанного и отвергнутого Савонаролу с той же неистовой категоричностью, с какой еще недавно по его же указке казнила материальные воплощения грехов человеческих. Костер за костер!
Но именно в эти дни совершенно неожиданно Сандро Боттичелли резко меняет все направление своей души. В тот миг, когда все отшатнулись от осужденного проповедника, «странный» живописец становится на сторону человека, фактически уничтожившего славу его искусства. Не перед властным диктатором - перед прахом мученика Сандро Боттичелли отбросил личную обиду, и наконец признал себя виновным. Виновным в преступном попустительстве предательству.
Боттичелли не был прямым верженцем Джироламо Савонаролы, как его брат Симоне. Но в период, когда после осуждения и казни неистового проповедника напряжение в городе не ослабло, а, напротив, приближалось к катастрофическому, Сандро вместе с другими гражданами переживал приступы то безнадежности, то веры в религиозное обновление. Смерть доминиканца вызвала в душе художника сомнения и боль.
2 ноября 1499 года Симоне записал в своем дневнике следующее:
«Алессандро ди Мариано Филипепи, мой брат, один из лучших художников за последнее время в нашем городе.., сидя дома у очага, около трех часов ночи рассказал о том, какой разговор происходил у него в этот день в его мастерской с Доффо Спини. Когда Сандро, знавший Доффо как любителя его картин, попросил его сказать чистую правду о том, за какие грехи был подвергнут позорной смерти брат Джироламо, Доффо ответил ему: «Сказать тебе правду? У него не только не нашли смертных грехов, но и вообще никаких, даже более мелких, обнаружено не было». И тогда Сандро спросил: «Почему же подвергли вы его столь позорной смерти?». На что Доффо ответил: «Это не я. Это вина Беноццо Федериги. И если бы этот проповедник и его друзья не были убиты, то народ отдал бы нас им на растерзание, и мы были бы разорваны на куски. Дело зашло так далеко, что мы решили, что для нашего спасения лучше ему умереть».
Документ свидетельствует о том, что годы, связанные с религиозным диктатом Савонаролы во Флоренции и его осуждением, наложили глубокую печать на внутренний мир Боттичелли, окрасив в мрачные тона его живопись.
Боттичелли становится нелюдимым, угрюмым калекой, нищает, замкнувшись от всех в упрямом страдальческом одиночестве. В скорбных картинах «Распятий» и «Положений во гроб» догорает остаток его страстей. Пленительная Венера перерождается в кающуюся Магдалину. И когда на заре XVI столетия во Флоренции на краткий период встречаются три гения следующего поколения, герои Высокого Возрождения - Леонардо да Винчи, Микеланджело, Рафаэль, - певец Раннего Возрождения, создатель праздника Весны не приемлет ни их величественного стиля, ни их классической красоты.
В последний раз вспоминают о нем современники в январе 1505 года, пригласив Сандро Боттичелли для участия в комиссии по установке колоссальной статуи Давида Микеланджело. Боттичелли предложил лестницу Флорентийского собора, но предпочли предложение Филиппино Липпи и самого Микеланджело - площадь Синьории.
На площадь, где вершится новая слава, приковылял убогий старик на костылях. И, глядя на него, молодому скульптору кажется, что этот старик - вчерашний день итальянского искусства.